La cholangite sclérosante primitive (CSP) est une maladie rare, de cause inconnue, caractérisée par des lésions fibro-inflammatoires des voies biliaires. La CSP est fréquemment associée aux maladies inflammatoires chroniques de l’intestin (MICI). Il est admis que les MICI résultent d’une rupture de l’équilibre entre le microbiote intestinal et le système immunitaire. Il est possible que les mêmes mécanismes interviennent dans la CSP. Le modèle animal le plus communément utilisé pour étudier la CSP, la souris Mdr2-/- ne développe pas spontanément de colite, cependant une colite expérimentale peut être induite par le dextran sulfate de sodium (DSS). Premièrement, nous avons réalisé une étude clinique visant à analyser le microbiote intestinal des patients atteints de CSP. Nos résultats montrent que les patients atteints de CSP présentent une dysbiose bactérienne et fongique, avec une rupture du réseau de corrélations entre bactéries et champignons. Deuxièmement, nous avons réalisé une étude préclinique visant à développer un modèle animal de CSP-MICI (souris Mdr2 -/- avec colite induite par DSS) afin d’évaluer l’impact de la maladie colique sur l’atteinte hépatique, et inversement. Nos résultats montrent que la colite induite chez la souris Mdr2-/- est plus sévère que chez la souris sauvage. Cependant la colite améliore les lésions fibro-inflammatoires hépatiques de la souris Mdr2-/-. Ce travail montre pour la première fois l’importance du microbiote fongique intestinal dans la dysbiose associée à la CSP, ainsi que la complexité des interactions entre le foie et l’intestin au cours de cette pathologie.